В Х1Х и начале ХХ веке по уровню заболеваемости и смертности Россия стояла на одном из первых мест среди европейских стран. Встал вопрос о необходимости создания специальных учреждений, призванных осуществлять противоэпидемическую деятельность.   Министерству Полиции  было поручена организация врачебно-санитарного дела.  В губерниях создавались врачебные управления, призванные ликвидировать причины, служившие источником болезней населения.
            В процессе деятельности российских земских учреждений и городских самоуправлений перед ними встал вопрос о необходимости создания независимой от Министерства Полиции врачебно-санитарной организации. Так родилась земская и городская медицина, одним из элементов которой в ряде губерний и крупных городов стали общественные санитарные организации.
            Первая городская общественная санитарная организация в России возникла в Москве (1866 г.) в составе 17 санитарных врачей, а в Санкт-Петербурге в связи с угрозой эпидемии холеры в феврале 1867 г.
            Московская санитарная станция, организатором которой был Ф.Ф. Эрисман – родоначальник научно-обоснованного развития санитарного дела и гигиены, была создана в 1891 г. Большую роль в развитии гигиены и санитарного дела сыграл А.П. Доброславин, возглавлявший первую в стране кафедру гигиены в Петербургском медико-хирургической академии.
            С 1906 г. формируется структура будущей санитарно-эпидемиологической организации Министерства путей сообщения: на каждой железной дороге вводятся должности санитарных врачей и дезинфекторов. Немало делалось и в военной и фабрично-заводской медицине.
            Но к 1913 году из 93 губерний только в 30 были санитарные организации.  В то время в стране было 1063 города, из которых в 204 существовали водопроводы и в 17 городах - канализации. В 49 городах работали лаборатории и в 54 – дезинфекционные камеры.
            15 сентября 1922 г.  принят Декрет Совета Народных Комиссаров РСФСР «О санитарных органах Республики». 
            С этого времени в стране началось создание сети специализированных санитарно-профилактических учреждений – санитарно-эпидемиологических станций. Были разработаны и утверждены санитарные правила по водоснабжению, очистке сточных вод, нормы состава пищевых продуктов для различных контингентов населения. 
            Одновременно с созданием санитарных органов развивалась гигиеническая и эпидемиологическая наука. Для подготовки санитарных врачей с 1930  года в ряде медицинских институтов были организованы санитарно-профилактические факультеты. 
            В 1932-1933 гг. в Советском Союзе разразился небывалый голод, вызванный неурожаем зерновых культур, жестокими поборами и насилием. Массовая миграция населения и тяжелые санитарные условия жизни в быстрорастущих городах вызвали широкое распространение инфекционных болезней (сыпной тиф, малярия, кишечные инфекции и др.). Возникла необходимость проведения чрезвычайных мер по борьбе с эпидемиями и улучшению санитарного состояния промышленных городов и поселков. Одной из таких мер явилось создание новой формы санитарно-эпидемиологического контроля. В 1935 г. было принято постановление о создании Всесоюзной Государственной санитарной инспекции (ВГСИ) при Совете Народных Комиссаров Союза ССР.
            В годы Великой Отечественной войны, благодаря  планомерному интенсивному  проведению  санитарно-противоэпидемических  мер,  в стране не было  крупномасштабных  эпидемических вспышек  инфекционных заболеваний. В послевоенный период санитарно-эпидемиологической службой  проводилась  большая работа  по ликвидации  последствий войны, оставались  актуальными вопросы  предупреждения инфекций.  В этот период  быстрыми темпами развивается  санэпидслужба. 
            В 1949 г. приказом Минздрава СССР была разграничена деятельность Всесоюзной государственной санитарной инспекции и санитарно-эпидемиологической службы. На  Всесоюзную государственную санитарную инспекцию возлагался предупредительный санитарный надзор, а на санитарно-эпидемиологическую службу – текущий санитарный надзор на территории страны, санитарный надзор за объектами городского и районного подчинения, предупреждение инфекционных, профессиональных и других заболеваний.
            Основы проведения государственного санитарного надзора, функции и права органов и учреждений санитарно-эпидемиологической службы различного уровня управления, а также права различных должностных лиц были определены в новом «Положении о Государственном санитарном надзоре в СССР», утвержденном в 1973 году Постановление Совета Министров СССР.
            Политические, экономические, социальные преобразования, произошедшие в стране в конце 80-х – начале 90-х годов, активизировали усилия руководителей и специалистов госсанэпидслужбы по ее совершенствованию. В числе первых законов особое место занял принятый в апреле 1991 года закон РСФСР «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения». Впервые в отечественной истории на законодательном уровне введено регулирование общественных отношений в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения, как необходимое условие реализации прав и интересов граждан и общества в сохранении и укреплении здоровья. Принятие Закона позволило сформировать современную государственную политику в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения.
            В результате проведения административной реформы, с 2005 г.   государственная санитарно-эпидемиологическая служба преобразовалась в Федеральную службу по защите прав потребителей и благополучия человека. В связи с этим изменилась структура службы.  Ей были приданы дополнительные функции по защите прав потребителей и надзора на потребительском рынке.